藤沢市村岡、高谷地区でそれぞれ２０年以上の歴史を持つ少年野球チーム「村岡パンサーズ」と「村岡少年野球クラブ」は平成７年（１９９５年）くらいから地区の少子化、新興のＪリーグ人気による野球人気の低下などによる部員数減少で悩んでいた。単独チームとして選手数が揃わない可能性も出てきて、平成８年（１９９６年）くらいから両チーム関係者の間で合同、合併といった話が出始めていた。

  平成９年（１９９７年）、当時の４年生以下の両チーム選手は、「村岡クラブ」という登録名で合同チームを作り藤沢市秋季大会の３部にエントリし勝ち進み見事３位に入賞した。

  これをきっかけに秋頃から両チームの合併話が本格化し、双方のチームは解散し、改めて対等な立場で新しいチームとして活動を開始することで合意した。

  同じ少年野球のチームとはいえども、チームの運営方針、保護者会のあり方、スタッフの役割、部行事など双方の歴史から来る相違点もあり、統一は簡単なことではなかった。このため、両チームの代表、マネージャー経験者、保護者代表からなる合併推進委員会を設立し、細部にわたっての協議を行い新チーム発足の下準備を開始した。新チームの名称も、両チームから公募し、１３９件の応募の中から５件（フェニックス、キッズ、ブルーシャークス、パワーズ、ドルフィンズ）に絞り子供たちの人気投票を行った結果、新チーム名称は「村岡フェニックス」と決まった。新チームの名付け親は小峰君のお母さんと桜田健太郎君であった。

平成９年（１９９７年）１２月２０日、ここにめでたく村岡フェニックスの創立を迎えた。

  明けて平成１０年（１９９８年）１月１５日、大雪の中、村岡市民の家にて餅つきが行なわれ、新年行事の「バット開き」により村岡フェニックスは正式にスタートした。チーム代表は佐藤信夫氏が就任し、最上級生の６年生は１人、５年生１２人、４年生６人、３年生１人、２年生１人の２１名選手達での船出であった。